食品工业洁净用房以控制有生命微粒的污染为主要目的，以空气洁净技术为过程控制的重要保障条件，构造良好卫生生产环境。
建有洁净用房的食品工厂的选址、设计、布局、建设和改造应符合食品洁净生产要求，最大限度地避免污染、交叉污染、混料和差错的发生。厂区的生产环境应整洁，路面及运输不应对食品的生产造成污染，人、物流走向应合理。
食品工业洁净用房应根据食品生产对除菌除尘和无菌生产要求的高低分级。洁净用房应明确其中生产的关键控制点、关键区域和背景区域，分别定级。尽可能缩小高级别区域的面积。食品工业洁净用房宜分为以下4个等级：
I级 高污染风险的洁净操作区。
高污染风险是指进行风险评估时确认在不能最终灭菌条件下，食品容易长菌、配制灌装速度慢、灌装用容器为广口瓶、容器须暴露数秒后方可密闭等状况。
Ⅱ级 I级区所处的背景环境，或污染风险仅次于I级的涉及非最终灭菌食品的洁净操作区。
Ⅲ级 生产过程中重要程度较次的洁净操作区。
Ⅳ级 属于前置工序的一般清洁要求的区域。
应根据不同生产阶段、不同关键控制点或食品本身的属性(包括水分含量、酸碱性、营养性以及防腐剂含量等)在适当等级的洁净区域内进行食品生产。涉及婴幼儿和特殊高危人群的食品，可适当提高生产环境洁净用房等级。食品检验应在I级环境中进行。
食品工业洁净用房的建筑设计除应满足生产需求外，还应遵循不产尘、不积尘、耐腐蚀、防潮、防霉、容易清洁和符合防火、环保要求的总原则。其装饰应便于安排空调净化设备、风管和风口，室内净高应满足生产工艺要求，并不宜低于3m。生产车间内的地面和墙面应使用非吸收性、不透水、不结露、易清洗消毒、不藏污纳垢的浅色材料铺设，并应平坦光滑。管道、灯具、风口等采用易擦洗、消毒的产品，应避免出现不易清洁的部位。
